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Um seinen gesetzlichen Auftrag erfüllen zu können, braucht der Gemeinsame Bundesausschuss (G-BA) wissenschaftliche Unterstützung. Diese bekommt er vorrangig vom Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG) und von der Institution nach § 137a SGB V (derzeit das AQUA-Institut für angewandte Qualitätsförderung und Forschung im Gesundheitswesen). Aufträge an beide Institutionen erfolgen auf Beschluss des Plenums.
Das IQWiG wurde im Zuge des Gesundheitsmodernisierungsgesetzes (GMG) am 1. Juni 2004 als private Stiftung vom G-BA gegründet. Der Gesetzgeber hat damit die Schaffung eines unabhängigen wissenschaftlichen Instituts in die Wege geleitet, das den Nutzen medizinischer Leistungen für gesetzlich Krankenversicherte untersucht. Durch die Abgabe von wissenschaftlichen Empfehlungen unterstützt das Institut den G-BA bei der Wahrnehmung seiner gesetzlichen Aufgaben. Die gesetzliche Grundlage für die Errichtung des IQWiG findet sich im § 139a SGB V. Dort heißt es:
Das Institut wird insbesondere auf folgenden Gebieten tätig:
Grafische Darstellung der Zusammenarbeit von G-BA und IQWiG (122.6 kB, PDF)
Bei seinen Aufgaben im Bereich der Qualitätssicherung wird der G-BA von einer fachlich unabhängigen Institution unterstützt. In § 137a SGB V sind Beauftragung und Aufgabenspektrum dieser Institution gesetzlich definiert. Nach einem bundesweiten Vergabeverfahren im Jahre 2009 wurde das Institut für angewandte Qualitätsförderung und Forschung im Gesundheitswesen (AQUA-Institut) in Göttingen Vertragspartner des G-BA. Als Institution nach § 137a SGB V übernimmt es folgende Aufgaben: