Der GBA wird von vier großen Selbstverwaltungsorganisationen im deutschen Gesundheitssystem gebildet. Sie werden auch als Trägerorganisationen des GBA bezeichnet:
Kassenärztliche Bundesvereinigung (KBV)
Kassenzahnärztliche Bundesvereinigung (KZBV)
Deutsche Krankenhausgesellschaft (DKG)
Spitzenverband Bund der Krankenkassen (GKV-Spitzenverband)
Diese Organisationen benennen insgesamt zehn Mitglieder für das Beschlussgremium des GBA, das sogenannte Plenum. Das Plenum tagt in der Regel alle zwei Wochen öffentlich. Zudem schlagen die Trägerorganisationen einvernehmlich drei unparteiische Mitglieder vor. Die Amtszeit im Beschlussgremium beträgt sechs Jahre, am 1. Juli 2024 begann die fünfte Amtsperiode des GBA.
Die oder der unparteiische Vorsitzende vertritt den GBA gerichtlich und außergerichtlich, leitet die Sitzungen des Plenums und bereitet sie gemeinsam mit den beiden weiteren unparteiischen Mitgliedern vor. Zudem übernimmt jedes unparteiische Mitglied den Vorsitz in jeweils drei Unterausschüssen.
Patientenvertreterinnen und -vertreter haben im GBA entsprechend den gesetzlichen Vorgaben Mitberatungs- und Antragsrechte, jedoch kein Stimmrecht. Über Stellungnahmeverfahren und Beteiligungsrechte bindet der GBA weitere Verbände, Organisationen, Fachgesellschaften etc. in seine Beratungen ein.